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【Under review】
[査読付き論文]
[査読付き国際会議プロシーディングス]
[招待講演]
[総説・解説記事]
[国際会議における講演(一部)]
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[査読付き論文]
- Meta-analysis integrated with multi-omics data analysis to elucidate pathogenic mechanisms of age-related knee osteoarthritis in mice.
Iijima H, Gilmer G, Wang K, Sivakumar S, Evans C, Matsui Y, Ambrosio F.
The Journals of Gerontology: Series A, 2022; glab386, https://doi.org/10.1093/gerona/glab386 - Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin.
Shimizu, D., Taniue, K., Matsui, Y. et al.
Cancer Gene Ther (2021). https://doi.org/10.1038/s41417-021-00401-w - Increased BUB1B/BUBR1 Expression Contributes to Aberrant DNA Repair Activity Leading to Resistance to DNA Damaging Agents.
Kazumasa Komura, Teruo Inamoto, Takuya Tsujino, Yusuke Matsui, Tsuyoshi Konuma, Taizo Uchimoto, Takeshi Tsutsumi, Tomohisa Matsunaga, Ryoichi Maenosono, Yuki Yoshikawa, Kohei Taniguchi, Tomohito Tanaka, Hirofumi Uehara, Koichi Hirata, Hajime Hirano, Hayahito Nomi, Yoshinobu Hirose, Fumihito Ono, Haruhito Azuma, and Kazuki Nishimura. Oncogene (2021). (Accepted. Now in press) - RoDiCE: Robust differential protein co-expression analysis for cancer complexome.
Yusuke Matsui, Yuichi Abe, Kohei Uno, Satoru Miyano. Bioinformatics (2021) (Accepted. Now in press)[preprint][software][Vignette] - Pre-stimulus alpha oscillation and post-stimulus cortical activity differ in localization between consciously perceived and missed near-threshold somatosensory stimuli.
Uemura, J., Hoshino, A., Igarashi, G., Matsui, Y., Chishima, M., & Hoshiyama, M.
European Journal of Neuroscience 2021. 1– 13. https://doi.org/10.1111/ejn.15388 - An in vitro coculture system of human peripheral blood mononuclear cells with hepatocellular carcinoma-derived cells for predicting drug-induced liver injury.
Oda, S., Uchida, Y., Aleo, M.D. Petra H. Koza-Taylor, Yusuke Matsui, Masanori Hizue, Lisa D. Marroquin, Jessica Whritenour, Eri Uchida & Tsuyoshi Yokoi.
Arch Toxicol (2020). https://doi.org/10.1007/s00204-020-02882-4 - EXOSC9 depletion attenuates P-body formation, stress resistance, and tumorigenicity of cancer cells.
Yoshino, S#., Matsui, Y#., Fukui, Y. et al. # These authors equally contributed to this study.
Sci Rep 10, 9275 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-66455-2 - Coordinated demethylation of H3K9 and H3K27 is required for rapid inflammatory responses of endothelial cells.
Higashijima Y, Matsui Y, Shimamura T, Nakaki R, Nagai N, Tsutsumi S, Abe Y, Link VM, Osaka M, Yoshida M, Watanabe R, Tanaka T, Taguchi A, Miura M, Ruan X, Li G, Inoue T, Nangaku M, Kimura H, Furukawa T, Aburatani H, Wada Y, Ruan Y, Glass CK, Kanki Y.
EMBO J. 2020 Mar 3:e103949. doi: 10.15252/embj.2019103949. - Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-wild-type Diffuse Astrocytic Gliomas.
Fumiharu Ohka, Keiko Shinjo, Shoichi Deguchi, Yusuke Matsui, Yusuke Okuno, Keisuke Katsushima, Miho Suzuki, Akira Kato, Noboru Ogiso, Akane Yamamichi, Kosuke Aoki, Hiromichi Suzuki, Shinya Sato, Nirmala Arul Rayan, Shyam Prabhakar, Jonathan Göke, Teppei Shimamura, Reo Maruyama, Satoru Takahashi, Akio Suzumura, Hiroshi Kimura, Toshihiko Wakabayashi, Hui Zong, Atsushi Natsume and Yutaka Kondo. Cancer Research (2019). DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-19-1272. - A Network of Networks Approach for Modeling Interconnected Brain Tissue-Specific Networks
Hideko Kawakubo, Yusuke Matsui, Itaru Kushima, Norio Ozaki, Teppei Shimamura. (2019)
Bioinformatics. btz032 - Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition.
Matsui Y, Miyano S, Shimamura T. (2019) Lecture Note in Bioinformatics (preprint) - GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics.
Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T and Miyano S. (2019) Lecture Note in Bioinformatics - A temporal shift of the evolutionary principle shaping intratumor heterogeneity in colorectal cancer.
Saito T, Niida A, Uchi R, Hirata H, Komatsu H, Sakimura S, Hayashi S, Nambara S, Kuroda Y, Ito S, Eguchi H, Masuda T, Sugimachi K, Tobo T, Nishida H, Daa T, Chiba K, Shiraishi Y, Yoshizato T, Kodama M, Okimoto T, Mizukami K, Ogawa R, Okamoto K, Shuto M, Fukuda K, Matsui Y, Shimamura T, Hasegawa T, Doki Y, Nagayama S, Yamada K, Kato M, Shibata T, Mori M, Aburatani H, Murakami K, Suzuki Y, Ogawa S, Miyano S, Mimori K. Nat Commun. 2018 Jul 23;9(1):2884. doi: 10.1038/s41467-018-05226-0. - Identification of Cardiomyocyte-Fated Progenitors from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Marked with CD82.
Takeda M, Kanki Y, Masumoto H, Funakoshi S, Hatani T, Fukushima H, Izumi-Taguchi A, Matsui Y, Shimamura T, Yoshida Y, Yamashita JK. (2018) Cell Reports;22(2):546-556. doi: 10.1016/j.celrep.2017.12.057. - ER stress signaling promotes the survival of cancer 'persister cells' tolerant to EGFR tyrosine kinase inhibitors.
Terai H, Kitajima S, Potter DS, Matsui Y, Gutierrez Quiceno L, Chen T, Kim TJ, Rusan M, Thai TC, Piccioni F, Donovan KA, Kwiatkowski N, Hinohara K, Wei G, Gray NS, Fischer ES, Wong KK, Shimamura T, Letai A, Hammerman PS, Barbie DA. (2017) Cancer Research. pii: canres.1904.2017. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-1904. [Epub ahead of print] - phyC: Clustering cancer evolutionary trees.
Matsui Y, Niida A, Uchi R, Mimori K, Miyano S, *Shimamura T (2017) PLoS Comput Biol 13(5): e1005509. (link) (press release) - NECAB3 Promotes Activation of Hypoxia-inducible factor-1 during Normoxia and Enhances Tumourigenicity of Cancer Cells. Nakaoka H.J, Hara T, Yoshino S, Kanamori A, Matsui Y, Shimamura T, Sato H, Murakami Y, Seiki M, Sakamoto T. (2016) Sci Rep. 7;622784.
- D3M:Detection of differential distributions of methylation levels.
Matsui Y, Mizuta M, Ito S, Miyano S, and Shimamura T. (2016) Bioinformatics. Btw138: 1-8. (link) - Classification of customers and analysis of purchase tendency in a group-buying coupon site.
Igarashi S, Matsui Y, Minami M, Mizuta M (2015). J Soc Comp Stat, 28(2), 1-8. - Symbolic Cluster Analysis for Distribution Valued Dissimilarity.
Matsui Y, Minami H and Mizuta, M. (2014). Communications for Statistical Applications and Methods. 21(3), 225–234. - Moving Functional k-means Clustering and Its Application.
Matsui Y, Komiya Y, Minami M, Mizuta M (2014). Bulletin of Data Analysis of Japanese Society of Classification, 4, 43-55. - Detection for irregular domain of multi dimensional valued functional data and its application to sensing data.
Matsui Y, Komiya Y, Minami M, Mizuta M(2014). J Soc Comp Stat, 27(2), 65-77 (In Japanese).
[査読付き国際会議プロシーディングス]
- Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition.
Matsui Y, Miyano S, Shimamura T. (2017) CIBB2017 - GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics.
Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T and Miyano S. CIBB2017 - SDA for mixed-type data and its application to analysis of environmental radio activity level data.
Matsui Y, and Mizuta M. (2014) COMPSTAT2014 673-680. - Comparison of two Distribution Valued Dissimilarities and its Application for Symbolic Clustering.
Matsui Y, Komiya Y, Minami H and Mizuta M. (2013). In: Gaul W, Geyer-Shulz A, Baba Y and Okada A. (eds.), German-Japanese Interchange of Data Analysis Results, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, pp.37―46, Springer
[招待講演]
- Matsui Y. (2019) Toward Achieving Precision Health Driven by Biomedical Informatics with Data Science. Recent Advances in Biostatistics and Bioinformatics. Data Science, Statistics and Visualization 2019. 2019. 8.13-15. Doshisha University
- 松井佑介. (2019) 確率生成モデルを用いたRNA-seqデータの解析. 統計関連学会連合大会2019. 企画セッション「統計モデリングと機械学習で紐解く生命システムのダイナミクス」2019.9.8-12. 滋賀大学
- 松井佑介. (2018)がんの複雑性と進化を読み解くデータ科学駆動型アプローチ. 科研費シンポジウム「生命・自然科学における複雑現象解明のための統計的アプローチ」2018.2.16-17. 滋賀大学.
- 松井佑介, 宮野悟, 島村徹平. (2017) がん細胞の特性に基づくサブクローン進化構造の統計的推定手法の開発. 第6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017) BoF企画セッション「異分野融合研究によるがんの進化の理解」, 2017.9.27-29, 北海道大学
- 松井佑介 (2017) 医療革新を牽引するバイオメディカルビッグデータサイエンスの現状と未来 - Data × Information Science = Life Science Innovation ? 名古屋大学大学院医学系研究科シンポジウム「データサイエンスが拓く医療の未来 - AI & beyond」2017.9.1.
- Matsui Y, Miyano S, and Shimamura S. (2017) Classification of tree-valued data and its application to cancer evolutionary trees. IFCS2017. 2017.8.8-10, Tokai Univ. Tokyo.
- Matsui Y, Abe Y, Miyano S, and Shimamura T. (2017) Analysis of proteogenomic data with logic model. JProS 2017,
- 松井佑介, 宮野悟, 島村徹平 (2016) 木構造値データの分類手法とがん進化系統樹への応用. 統計関連学会連合大会2016 企画セッション「分類理論の最前線」2016. 9.4-7 金沢大学.
- 松井佑介 (2015) 計算機統計学をとりまく最近のビッグデータ処理, 日本計算機統計学会第29回シンポジウム. 特別セッション「ビッグデータ」, 2015.11.27-28 まなぼっと幣舞.
- Matsui Y, and Shimamura T.(2015) Analysis of Object-oriented Data for ComprehensiveSystem Understanding of Cancer. International Workshop for JSCS 30th Anniversary in Okinawa. Special session: “Statistical Approaches to Data Mining and Machine Learning”. 2015.11.30-31 OIST.
- Matsui Y, Minami H, and Mizuta M. Symbolic Cluster Analysis for Distribution valued Data. Joint Meeting of IASC Satellite and IASC-ARS 2013, pp.305–310 (2013.8.22–23), Seoul Korea.
[総説・解説記事]
- 松井佑介・島村徹平 (2018) phyC- がん進化を推定・分類するためのデータ駆動型数理アプローチ : 遺伝子医学MOOK 33号「遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 - 病態解明から個別化医療,ゲノム創薬まで -」
- Conference of the International Federation of Classification Societies 2017 (IFCS 2017) Special Session:"The cutting edge of biomedical big data - from bioinformatic methodologies to data analysis", Organizer and chairman, 2017.8.8-10 Tokai University Takanawa campus, Tokyo. link
- 日本プロテオーム学会2017年大会 特別セッション:「プロテオームとマルチオミクスの邂逅~プロテオゲノミクスの攻略に向けて」オーガナイザー・座長, 2017.7.26-28 ホテル阪急エキスポパーク. (link)
[国際会議における講演(一部)]
- *Matsui Y, Miyano S, Shimamura T. (2017) Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition. CIBB2017, 2017.9.7-9. Cagliari, Italy.
- Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T and Miyano S. (2017) GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics. CIBB2017, 2017.9.7-9. Cagliari, Italy.
- Matsui Y. (2017) Statistical approaches to cancer heterogeneity. CDAC2017, 2017.5.22-26, Como Italy.
- Matsui Y, Niida A, Uchi R, Mimori K, Miyano S and Shimamura T. Clustering cancer evolutionary trees. 2016.12.9-11. ERCIM2016 Seville Spain.
- Matsui Y, Mizuta M, Miyano S and Shimamura T. Two-sample test with distributional data and detection of differential DNA methylation. IFCS2015, 2015.7.6-8. Bologna, Italy.
- Mizuta M, Matsui Y. Analysis of sensing data with moving functional methods. COMPSTAT2014.
- Matsui Y, and Mizuta M. (2014) SDA for mixed-type data and its application to analysis of environmental radio activity level data. COMPSTAT2014.
- Matsui Y, Minami, H. and Mizuta, M. Hierarchical Symbolic Cluster Analysis with Quantile Function Representation, IFCS 2013 (2013.7.14–17), Tilburg Netherland.
- Matsui Y, Komiya Y, Minami H. and Mizuta M. Cluster analysis of distribution valued data and its application, Hokkaido University–Korea University, Proceedings of the Second Joint Workshop in Statistics, pp.44-47 (2013.6.25–26), Seoul Korea.
- Matsui Y, Minami H and Mizuta M. Network Traffic Analysis – With a Distribution valued Data Approach. Hokkaido University–Korea University, Proceedings of Joint Symposium on Statistics (2012.6.10–11), Hokkaido Japan.
- Matsui Y, Komiya Y, Minami H and Mizuta M. A Clustering Method for Distribution Valued Dissimilarities. Joint Meeting of the Korea – Japan Conference of Computational Statistics and the 25th Symposium of Japanese Society of Computational Statistics, pp. 101–102 (2011.11.11–12), Seoul Korea.
[国内における講演(一部)]
- 阿部雄一, 松井佑介, 植村元秀, 多田亜沙, 足立淳, 朝長毅. リン酸化プロテオゲノミクスにより暴かれる淡明腎細胞がんKinotypeと層別化治療戦略の構築. JProS 2017.
- 松井佑介, 水田正弘. 放射線治療に関する計算機統計学的アプローチ. 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点第6 回シンポジウム(2014.7.10–11), THE GRAND HALL 品川
- 高倉潤也, 五十嵐千人, 鈴木和之, 高畑優修, 藤崎稔晃, 松井佑介, 南弘征. テキストマイニングによるネット販売サイトのキャッチフレーズ解析, 第27 回日本計算機統計学会シンポジウム論文集, pp.97-98 (2013.11.15), 熊本県崇城大学ホール.
- 五十嵐千人, 高倉潤也, 鈴木和之, 高畑優修, 藤崎稔晃, 松井佑介, 南弘征. 共同購入型クーポンサイトにおける顧客属性と購買傾向に関する考察, 第27 回日本計算機統計学会シンポジウム論文集, pp.93-96 (2013.11.15), 熊本県崇城大学ホール.
- 松井佑介. 放射性物質の分布状況等調査データベースを用いた空間線量率分布に関する考察, 北大情報系若手連携シンポジウム, pp.63–64 (2013.11.28–29), 北海道大学
- 松井佑介, 南弘征, 水田正弘. 放射性物質の分布状況等調査データベースを用いた空間線量率分布に関する考察. 2013 年度統計関連学会連合大会講演報告集, 243 (2013.9.8–2013.9.11),大阪大学.
- 藤崎稔晃, 伊藤大哲, 鈴木和之, 妹尾いづみ, 松井佑介, 南弘征. ゴルフサイト会員の商品購買動向に対するシンボリックデータ解析法の適用. 日本計算機統計学会第26 回大会, pp.19–22(2012.5.12–13), 香川県社会福祉総合センター.
- 妹尾いづみ, 松井佑介, 小宮由里子, 南弘征, 水田正弘. ライフログを用いた個人健康管理における異常検知手法の適用, 2012 年度統計関連学会連合大会講演報告集, 243 (2012.9.9–2012.9.12), 北海道大学.
- 松井佑介, 南弘征, 水田正弘. SDA によるネットワークトラフィックの解析, 2012 年度統計関連学会連合大会講演報告集, 64 (2012.9.9–2012.9.12), 北海道大学.
- 松井佑介, 南弘征, 水田正弘, 分布値による類似度に関する比較法とその応用について. 2011年度統計数理研究所共同研究大規模データの解析法に関する研究会(2012.2.23), 統計数理研究所.
競争的獲得資金
- R3-R6 基盤研究(C)(分担)各種細胞株の放射線照射による生存率曲線と遺伝子発現量の測定
- R3-R6 基盤研究(B)(分担)ドライバー癌遺伝子誘導性の細胞老化を作用機序とする変異KRAS肺癌の創薬研究
- R2-R5 挑戦的萌芽(萌芽)(代表)ネオロコモ:俯瞰的システムから挑む運動器不全メカニズムの全貌解明
- R2-R6 基盤研究(B)(代表)リバーストランスオミクス解析によるがんシステムのボトムアップ統合理解と攻略
- R2-R4 基盤研究(C)(分担)筋活動パターンのリアルタイム フィードバックシステムの開発
- R2-R4 基盤研究(C)(分担)難治がん検体からのNon-coding region由来マイクロペプチドーム測定
- H31-R3 挑戦的萌芽(萌芽)(分担)時空間脳内ネットワーク構造に基づく革新的歩行介入法の開発
- H30-R1 若手研究における独立基盤形成支援(試行) (代表)
- H30-R2 新学術領域研究(研究領域提案型)がんシステムの新次元俯瞰と攻略(公募型研究・代表)がんシステムの新次元理解に向けたプロテオゲノムビッグデータ解析基盤の構築
- H30-R3 若手研究(代表)がんのエコシステム攻略に向けたブール関数上における統計的モデリング手法の構築
- H30-R4 基盤研究(B)(分担)メタ解析とシンボリックデータ解析の融合による探索的メタアナリシスの新展開
- H28-29 若手研究(B)(代表):がんのサブクローン構造を俯瞰的に攻略するための統計的解析手法の開発
- H28-29 新学術領域研究(研究領域提案型)がんシステムの新次元俯瞰と攻略(公募型研究・代表):がんの多様性を多角的に捉えて解析するためのオブジェクト指向型データ解析法の構築
獲得資金(その他)
- H27 新学術領域研究(研究領域提案型)がん研究分野の特性等を踏まえた支援活動(がん若手共同研究支援採択課題・分担):がん転移成立におけるがん・炎症性単球・血管内皮細胞の三者コミュニケーション機構の解明
受賞歴
- 日本分類学会・奨励賞(2017)